- 2020-09-06
- 2020-12-23
MacでORTEP図を作る
ORTEP図とは X線結晶構造解析で明らかとなった分子構造を表す際に、その異方性温度因子(熱振動)をラグビーボール型の楕円体で表した分子図がORTEP図です。美しいORTEP図を出力するためのいろいろなソフトウェアが知られていますが、ここでは容易に入手可能な PLATON を使ってMac上でORTEP図を作成する方法を紹介したいと思います。
ORTEP図とは X線結晶構造解析で明らかとなった分子構造を表す際に、その異方性温度因子(熱振動)をラグビーボール型の楕円体で表した分子図がORTEP図です。美しいORTEP図を出力するためのいろいろなソフトウェアが知られていますが、ここでは容易に入手可能な PLATON を使ってMac上でORTEP図を作成する方法を紹介したいと思います。
ShelXleとは ShelXle は SHELX (特にSHELXL) を扱うためのグラフィカルなインターフェースを提供するソフトウェアです。最小二乗法による構造精密化に威力を発揮します。Mac版もあります。アカデミック用途は無料で使えます。
Emacsとは Emacs というテキストエディタがあります。Vim と並んでUNIX系システムでよく使われる二大エディタの一つです。Mac版もあります。特に何も設定しなくても使える Vim とは異なり、Emacs は素の状態ではできることがかぎられていますが、設定していくと劇的に使いやすくなる “育てる系エディタ” です。Emacs はLISPという言語で設定ファイルを書 […]
Vimの最低限の設定 UNIX系のサーバーにはほぼ必ず入っているテキストエディタが Vim です。とても軽快なエディタなので、Gaussianのアウトプットファイルの様に何万行もあるようなテキストファイルを扱うときに威力を発揮します。 日本語を扱わないのであれば、特に設定せずに初期状態のままでも使えますが、必要最低限の設定をすれば、より快適に使えますので紹介します。日本語も使えるようになります。 […]
Vimとは Vim というテキストエディタがあります。UNIX系サーバーにはほぼ必ずインストールされているので、Gaussianサーバー等にリモートから(自分のPCから)接続して作業するときに、威力を発揮します。ここでは、Vim の簡単な特徴とGaussianのアウトプットファイルを Vim を使ってサーバー上でササッと確認する方法を紹介したいと思います。 Vimの特徴 Vim はUNIX系OSで […]