MacでORTEP図を作る

ORTEP図とは

X線結晶構造解析で明らかとなった分子構造を表す際に、その異方性温度因子(熱振動)をラグビーボール型の楕円体で表した分子図がORTEP図です。美しいORTEP図を出力するためのいろいろなソフトウェアが知られていますが、ここでは容易に入手可能な PLATON を使ってMac上でORTEP図を作成する方法を紹介したいと思います。

ORTEP図の例

要るもの

PLATON(必須), Olex2(一応なくても可),  Illustrator(なくても可) が必要です。Illustrator のみ有料ソフトです。Illustrator は使いこなせると強力なツールです。未検証ですが、無料の Inkspace でも同等のことができるかもしれません。

olex2, platon のインストールについては下記事を参照して下さい。

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ORTEP図の作成

PLATON の起動

Olex2 で構造解析が終了したら、PTONボタンをクリックして、PLATONを起動します。

PTONボタンをクリックしてPLATONを起動

すると下のような画面が立ち上がります。

PLATONの起動画面

(補足)Olex2 からではなく、コマンドラインから直接 PLATON を起動することもできます。

$ cd ~/Documents/x-ray  #X線のデータフォルダ (ここでは仮にx-rayとしています) の場所へ移動する
$ platon hogehoge.cif  #cifファイル (ここでは仮に hogehoge.cif とします) をPLATONで開く

PLATONが起動したら、Ortep-Plotをクリックします。

Ortep-Plotをクリック

Ortep-Plotの操作

Ortep-Plot が起動すると下のような画面になります。ここからの操作法が直感的に分かりにくいのですが、慣れれば簡単です。とくによく触る項目を説明します。

  • Incl-HAtoms: クリックして白字にすると水素原子が消える(表示されなくなる)。水素を消したいときはクリック。
  • Label -Hag+: クリックして白字にすると原子についたラベル (C1等) が消える。ラベルを消したいときはクリック。
  • Decoration: クリックして白字とORTEP図の周りの文字が消える。これは消した方が見やすい図になるので、クリック。
  • ViewOptions: 分子を見る角度を変える。見やすい角度を選択する。RotX, RotY, RotZ でマニュアルで角度変更も可能
  • b&w-eps-col: b&w側をクリックすると白黒のORTEP図が、col側をクリックするとカラーのORTEP図がps形式で出力されます。出力時にメッセージがでないのでわかりにくいのですが、cifファイルと同じフォルダに同じ名前のpsファイルとして出力されます (cif名がhogehoge.cifなら hogehoge.ps が出力される)。

水素の表示・非表示、分子を見る角度などを調整したら、b&w-eps-col (カラー出力時はcol側)をクリックしてpsファイルを出力します。

出力されたpsファイルにて、図の一部が欠けていることがあります。そのようなときは、何度かpsファイルの出力を繰り返してみて下さい。

IllustratorでORTEP図の編集

作成したpsファイルはそのまま WORD に貼り付けることもできますが、より綺麗な図にしたい場合には、Illustrator でこれを整えます。まず、作成したpsファイルを Illustrator で開きます。

図が90°回転しているので、画像を全選択して [オブジェクト]-[変形]-[回転] で-90°回転させます。その後、色や文字を整えます。下図は窒素の色を少し変えています。調整できたら、eps形式で保存します。

eps形式はベクタ形式なので、図が軽量で高品質です。おすすめです。

参考:画像オブジェクトの「ラスタ形式」と「ベクタ形式」 違いと使い分けについて (株式会社アーティス)

 

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